1896年10月11日に作曲者が他界したとき、終楽章は未完成のまま残された。
実際の演奏では、実演・録音とも、完成している第1〜第3楽章のみで演奏されることが非常に多い。
1887年夏、ブルックナーは交響曲第8番を完成させた後、この作品の作曲に取り掛かった。
彼はベートーヴェンの『交響曲第9番』と同じ「ニ短調」という調性を選んだことについて、
人々の反応を気にしたものの断固とした決意を持ち、この作品の献辞として、譜面にドイツ語で「愛する神に捧ぐ」（dem lieben Gott）と書いた。
しかしブルックナーはまたもや旧作の改訂に追われ、第9交響曲に集中することができなかった。
この改訂で交響曲第1番や交響曲第8番などに労力を費やしている。
1892年12月に交響曲第8番が初演された後、この曲の作曲に打ち込むことができるようになったが、彼の病状は悪化し続ける。
ようやく1894年11月30日に第3楽章を完成させたが、その頃ブルックナーはウィーン大学の講義において、この作品が未完成に終わった場合には自作のテ・デウムを演奏するように示唆した。
1896年10月11日、最後の日の午前までブルックナーは第4楽章の作曲に携わったが、午後3時過ぎに息を引き取り、結局全曲を完成させることはできなかった。
未完成に終わった第4楽章の自筆楽譜は、ソナタ形式の再現部の第3主題部でペンが止まっている。
初演は1903年にフェルディナント・レーヴェの指揮によりウィーンで行われた。
楽器編成
フルート3
オーボエ3
クラリネット3
ファゴット3
ホルン8（第5〜第8ホルンはワーグナーチューバと持ち替え）
トランペット3
トロンボーン3
バス・チューバ1
ティンパニ1
弦五部
